Yes, addressee honorification ("speech styles") and subject honorification ("using -(으)시-, -께서, ...") are different things you need to consider. You should use -(으)시- when you describe someone "higher" than yourself (although there are exceptional cases). Look at these examples to see how -(으)시- is inserted in several conjugated forms:
문다 (= 물- + -ㄴ다) + -시- → 무신다.
굽는다 (= 굽- + -는다) + -으시- → 구우신다.
입는다 (= 입- + -는다) + -으시- → 입으신다.
쓴다 (= 쓰- + -ㄴ다) + -시- → 쓰신다.
먹인다 (= 먹이- + -ㄴ다) + -시- → 먹이신다.
이다 + -시- → 이시다.
갔다 (= 가- + -았- + -다) + -시- → 가시었다 or 가셨다 (The latter is preferred).
도착하겠다 (= 도착하- + -겠- + -다) + -시- → 도착하시겠다.
As you may have noticed, some endings change when they meet -(으)시-. Dictionaries have grammatical information, so consult them to learn where to use -으시-, -시-, -는다, and -ㄴ다. These are example sentences for all the forms given above:
아기는 사탕을 입에 문다.
할머니는 사탕을 입에 무신다.
동생이 고기를 굽는다.
할아버지께서 고기를 구우신다.
아버지께서 모자를 쓰실 때 나는 바지를 입는다.
내가 모자를 쓸 때 아버지는 바지를 입으신다.
아버지께서 바지를 입으실 때 나는 모자를 쓴다.
내가 바지를 입을 때 아버지는 모자를 쓰신다.
어머니께서 새에게 모이를 먹인다.
어머니께서 동생에게 밥을 먹이신다.
얘가 네 짝꿍이다.
이분이 네 선생님이시다.
나는 시장에 갔다.
부모님은 시장에 가셨다.
너는 내일 서울에 도착하겠다.
부모님은 내일 서울에 도착하시겠다.