Here, they both mean more or less the same. Literally,
이는 [베트남과 같은 제도인 것]으로 보인다. = This seems as if [it is the same system as in Vietnam].
이는 [베트남과 같은 제도]로 보인다. = This seems as [the same system as in Vietnam].
In other situations, only one of them may be appropriate. For example,
정부는 [베트남과 같은 제도]를 목표로 했다. = The government aimed for [a system like Vietnam].
(X) 정부는 [베트남과 같은 제도인 것]을 목표로 했다. = ???
- On the other hand, you could say "정부는 (X가) 베트남과 같은 제도가 되는 것을 목표로 했다." (The government's objective was to make X the same system as in Vietnam.)
Another example:
정부는 [(이것이) 베트남과 같은 제도인 것]을 적극 부인했다. = The government strongly denied that [(it) was the same system as in Vietnam].
(X) 정부는 [베트남과 같은 제도]를 적극 부인했다. = ???